司隶校尉、录尚书事。随后曹操听从董昭建议,于九月迁献帝于许县,他本人被封为大将军,进封武平侯。杨奉对迁许之举非常不满,打算拦路截击,失败。十月,曹操讨平杨奉。十一月,曹操升任司空,行车骑将军事,总揽朝政。这一年,曹操听从枣祗、韩浩等人的建议,开始实行屯田制。建安二年(197年)正月,曹操讨伐割据宛城的张绣,驻军淯水。张绣举众投降,旋即复叛,曹操长子曹昂、侄子曹安民、猛将典韦战死。曹操引兵退还舞阴,张绣派兵来攻,被曹操击退。张绣奔往穰城,与刘表联合。割据淮南的袁术僭号,吕布把他的使者送到许县,袁术怒而进攻吕布,结果为吕布所破。九月,袁术侵略陈国,曹操闻讯亲自东征袁术。袁术得知曹操亲自来,便弃军而逃,留桥蕤等西将镇守。曹操到后,斩杀桥蕤等将。袁术渡淮而走,曹操也回到许县。十一月,曹操南征荆州,到达宛城。刘表部将邓济据湖阳,曹操生擒邓济,湖阳也投降。之后曹操又攻下了舞阴。建安三年(198年)正月,曹操回到许县。三月,曹操再次南征,围攻张绣于穰城。西月,曹操所遣的谒者裴茂率中郎将段煨讨李傕,夷三族。五月,刘表派兵救援张绣,并打算截断曹操后路。曹操引军退还,张绣追击,曹操军无法前行,于是结成连营,得以慢慢前进。到了安众县,张绣和刘表联军守在险要地方,曹操军前后受敌。曹操于是派人趁天黑在险要处挖凿一条地道,把辎重物资全部偷运过去,又设下伏兵。天明时,张绣军认为曹操己逃走,全军追赶。